Дружеството има двустепенна система на управление. Органите за управление на дружеството са Управителен съвет („УС“), Надзорен съвет („НС“) и едноличният собственик на капитала, т.е. държавата, който решава въпросите от компетентност на общото събрание на акционерите и се представлява от министъра на финансите.
Членовете на УС се избират от НС и притежават съответната професионална квалификация, експертни знания и опит при управлението на финансови инструменти.
В състава на Надзорния съвет са включени представители на оперативните програми, предоставящи ресурси във Фонда на фондовете, Министерския съвет и Министерството на финансите.
На база на избрания оперативен модел на ФМФИБ и ФнФ е разработена организационната структура на дружеството, подходяща за изпълнението на ФИ, съответстващи на целите на фондовете по ЕСИФ, и даваща възможност за упражняване на мониторинг върху изпълнението на инвестициите.
С цел да бъде гарантирано наличието на рамка за сериозен контрол и спазването на принципа на разделение на функциите, служителите на ФМФИБ са разпределени в отдели съобразно уменията и компетенциите си: Фронт офис, Мидъл офис, Бек офис.
Екипът на ФМФИБ се състои от професионалисти с опит в областта на структурирането и прилагането на финансови инструменти в областта на икономическото, социалното и регионалното развитие, фондове за частни инвестиции, корпоративните финанси, инвестиционно и търговско банкиране, управлението на риска, съответствието, правото, финансите и маркетинга.
Служителите на ФМФИБ са натрупали професионалния си опит в компании като EBRD, Citi, KPMG, S&P Ratings, Allianz, BDB, BNP CIB, HSBC, SocGen, а също БНБ, ЕК, МФ, УО на ОПИК, УО на ОПРР, УО на ОПРЧР и са завършили висшето си образование в елитни университети като INSEAD, Harvard, LSE, Cass, Pantheon Assas, Paris Dauphine, AUBG, Salford, Osnabrück.
